בעיר הערבית מג'דל היתה לפני מלחמת 1948 אוכלוסייה שמנתה כ – 10,000 נפש. באוקטובר 1948 נוספו לאוכלוסייה זו אלפי פליטים ממקומות אחרים בארץ ישראל. במסגרת מבצע "יואב" בו כבשה ישראל אזורים נרחבים בדרום הארץ, הפגיזו והפציצו מטוסי צה"ל את העיירה. חיילים מצריים יחד עם תושבים מקומיים נטשו את העיר. בתחילת נובמבר 1948 נכבשה מג'דל על ידי ישראל.  מספר התושבים בתקופה זו עמד על כ-2,600.

כעבור מספר שבועות התגבשה דרישה מצד צה"ל לפנות את תושבי העיר הערביים. הדרישה נדחתה על ידי הממשלה. לעיר נכנסה יחידה של הממשל הצבאי ומונה מושל צבאי. הערבים שנותרו רוכזו במתחם או "גטו" אשר גודר בגדרות תיל והיה נתון תחת שמירה צבאית.  בדצמבר 1948 החליטו מנהיגי המדינה ליישב את מג'דל ביהודים.

בנובמבר 1949 ביקש משה דיין, מפקד פיקוד דרום, לפנות את מג'דל מתושביה הערבים בשל -  "הקרבה לגבול והקשר בין התושבים לגורמי אויב והיותה "בית קיבול" למסתננים מעבר לגבול וכן בשל מיקומה המיועד להקמת עיר נמל". כן הועלה חשש שתושבי מג'דל קיוו להחזרת ממשל ערבי לעירם.  הצעת דיין נתמכה בידי אנשי ממשל צבאי נוספים.
בדצמבר 1949 אישר בן גוריון את העברת אוכלסיית מג'דל ליישובים ערבים בפנים הארץ. ההחלטה לא הובאה לאישור הממשלה ואף לא דווחה לממשלה.
בפועל, החל מפברואר 1950 והלאה נשלחו התושבים לעבר רצועת עזה.

החל מכיבוש העיר בנובמבר  1948 הופעל על ערביי מג'דל מכבש לחצים לשכנעם להתפנות מהעיר. הלחץ העיקרי היה ביצירת "גטו" וגידור הקהילה הערבית שכל יציאה וכניסה היו טעונים אישור צה"לי. הוטלו הגבלות לגבי מכירת תוצרת חקלאית. החיילים אף התעמרו בתושבים , לדוגמה, במרס 1950 ירה חייל כדור אל חלון אחד הבתים כדי לגרום לתושבים להשקיט את הרדיו ולכבות את האור, כדי לאכוף איסור על שום קול ושום רעש לאחר השעה 9:30 בתוך הגטו.

במהלך המחצית הראשונה של 1950 הודיעו אנשי הממשל הצבאי לערביי מג'דל כי בקרוב עליהם להתפנות. כחלק מהלחץ לקראת הפינוי נדרשו התושבים לשלם חשבון קולקטיבי עבור אספקת מים, ושובשה אספקת המזון לאוכלוסייה שברובה חיה על סעד של הממשלה.
גורמים נוספים להתפנות הערבית היה הנתק ממשפחותיהם שגלו לעזה ב-1948.     
ישראל הסכימה לאפשר חזרה מצומצמת לשם איחוד משפחות, כך שתושבי מג'דל שרצו להתאחד עם משפחותיהם נאלצו לעזוב לעזה. בנוסף, היתה השפעה של תעמולה מצרית לגבי "סיבוב שני" של קרבות, והיו שחששו להיקלע לאזור קרבות, ועזבו.
התושבים סבלו ממצב חברתי ירוד בשל הכיבוש והממשל הצבאי. המגבלות הישראליות גרמו לאבטלה ונוצר תמריץ לתושבים לעזוב.

הטרנספר ממג'דל החל בפועל בפברואר 1950 כאשר מספר משפחות ביקשו להתאחד עם משפחותיהם בעזה. המבצע הרשמי לפינוי מג'דל מערבייה החל ביוני 1950. כ- 1200 איש גורשו לעזה. ביצוע הטרנספר לא היה מובן מאליו, והיה צורך במעטה של חוקיות ובהסכמה ערבית, אמיתית או מדומה. דיין נתקל בהתנגדות מצד ההסתדרות הכללית אשר התנגדה לגירוש. ההסתדרות חתרה לחדש את פועלה בקרב ערביי הארץ והקימה במג'דל קואופרטיב אריגה וחקלאות. הצבא אשר גובה על ידי בן גוריון ניצח במאבק. הטרנספר ממג'דל פעל ביעילות ובשקט. צה"ל סיפק משאיות וכסף מנדטורי ונכבדים ערבים עזרו ברישום המועמדים לפינוי ובמכירת חפציהם. אדמותיהם ובתיהם של המתפנים עברו לידי האפוטרופוס לרכוש נטוש. המשאיות עזבו מרחבה ליד בית העירייה, הגיעו למחסום ארז ושם קיבלו את פניהם המצרים עם משאיות שהובילום למחנות הפליטים. המתפנים הוחתמו על הצהרה שהם עוזבים מרצון ושהם מוותרים על בעלותם בנכסיהם ועל זכות השיבה. ורבין, המושל הצבאי במג'דל, עודד את הפינוי על ידי החלפת הלירות הישראליות בלירות מנדטוריות אשר ערכן היה גבוה יותר באותה עת. 

בספטמבר גבר הלחץ על הערבים שנותרו בעיר, וניתן לכנות את המתרחש מכאן ואילך כגירוש ולא נטישה מרצון המלווה בלחצים חיצוניים. הממשל הפסיק לספק מזונות, לדוגמא קמח ממנו נהגו לאפות לחם. אנשים לא אכלו מספר ימים ונאמר להם כי אם לא יעברו עתה לעזה או חברון יבוא הצבא ויעבירם לגליל. גם לחברים בקואופרטיבים של ההסתדרות נאמר כי אם לא יעברו עכשיו, הצבא יגרשם בכוח. ההסתדרות ניסתה למנוע את גירוש המשפחות העובדות אך ללא הצלחה. באוקטובר 1950 גבר הלחץ שהפעיל הצבא. חיילים הגיעו לגטו בלילה וצעקו "הסתלקו מפה מסתננים" ואף ירו באוויר. ורבין הורה על סגירת בית הספר הערבי ואוכל פרטי הוחרם על ידי הממשל. התערבות אנשי ההסתדרות לא הביאה להפסקת הפינוי. משלוח אחרון עם 229 אנשים יצא לעזה באמצע אוקטובר. בעיר נשארו כ-17 משפחות בשל התערבותו האישית של מזכ"ל ההסתדרות. בהמשך, גם משפחות אלה הועברו ללוד והעיר התרוקנה מתושביה הערבים.